Die Kreuzotter ist neben der Ringelnatter und der Schlingnatter eine der drei in Berlin heimischen Schlangenarten. Bis 1933 konnten Kreuzottern im Berliner Raum nachgewiesen werden, danach aber für viele Jahre nicht mehr. Nach dem Fund einzelner Exemplare zwischen 1975 und 1980, bei denen es sich vermutlich um ausgesetzte Tiere handelte, gab es keine zweifelsfreien Sichtungen mehr. Erst im Jahr 2003 wurde wieder ein Tier gefunden, seit 2007 existieren regelmäßige Beobachtungen. Es handelt sich aber offenbar nur um eine sehr kleine Population in einem kleinräumigen Bereich im Spandauer Forst.
Die Kreuzotter ist deshalb auf der Roten Liste Berlin (2017) in Kategorie 1 (vom Aussterben bedroht) eingestuft. Die Art ist besonders geschützt gemäß Bundesnaturschutzgesetz.