Der Gartenbaumläufer sucht in Laubwäldern, Gärten und Parks bevorzugt an Bäumen mit tiefer Rindenstruktur nach seiner Nahrung. Diese besteht im Sommer aus Insekten, ihren Larven und Spinnen. Im Winter verzehrt er auch Sämereien. Der Gartenbaumläufer vermag sehr gut zu klettern, er kann im Gegensatz zu dem Kleiber jedoch nicht kopfüber den Baum herunterlaufen.
Der Gartenbaumläufer ist nach Angabe der Roten Liste von 2013 in Berlin mit 700 - 1 300 Brutpaaren vertreten. Die Art ist besonders geschützt gemäß Bundesnaturschutzgesetz.