Die Rotbauchunke ist in Berlin extrem selten. Aktuell sind nur im FFH Gebiet Falkenberger Rieselfelder und im Gebiet der Hönower Weiherkette Populationen bekannt. Die Art besiedelt ein breites Spektrum an stehenden, fischfreien, pflanzenreichen und besonnten Flachgewässern, z.B. strömungsfreie Überschwemmungsflächen in den Flussauen. Als Landlebensräume nutzt sie feuchte Wiesen, Bruch- und Auwälder des Flachlandes, Feldgehölze und Gebüsche. Die Unke überwintert in Erdhöhlen, unter Totholzansammlungen oder Steinen, auch in Kleinsäugerbauen, die in der Regel nicht weiter als 100 m vom Wohngewässer entfernt sind.
Die Rotbauchunke ist auf der Roten Liste Berlin (2017) in Kategorie 1 (vom Aussterben bedroht) eingestuft. Die Art ist streng geschützt gemäß Bundesnaturschutzgesetz.