Ernst Ludwig Heim war ein Berliner Arzt. Er wurde als Sohn des Pfarrers Johann Ludwig Heim (1704–1785) geboren. Nach seinem Studium promovierte Heim 1772 zum Doktor der Medizin. Ab 1775 lebte er in Spandau bei Berlin, wurde 1776 zum Stadtphysikus und später zum Kreisphysikus des Havellandes ernannt. Am Haus Reformationsplatz 2 in der Altstadt Spandau, dem ehemalige Offiziantenhaus, erinnert eine Gedenktafel an Ernst Ludwig Heim, der hier seine Amtswohnung hatte.
1783 zog er nach Berlin an den Gendarmenmarkt und eröffnete eine Praxis in der Markgrafenstraße. Jährlich behandelte er drei- bis viertausend Patienten, wobei er als Armenarzt große Anerkennung und Popularität erwarb. Heim führte als erster Arzt die Pockenschutzimpfung ein.