Die Waldeidechse (auch Bergeidechse genannt) lebt in Mooren, Heiden, Wäldern und an Waldrändern. Sie bevorzugt vegetationsreiche Böschungen und Lichtungen. In Berlin wird die Art hauptsächlich im Spandauer Forst gefunden. Weitere, überwiegend kleine Bestände leben im nördlichen Grunewald, in Wuhlheide, den Köpenicker Forsten und im Bucher Forst.
Die Waldeidechse flieht bei Gefahr auch ins Wasser, sie schwimmt und taucht. Wie bei anderen Eidechsenarten kann der Schwanz bei Gefahr an Sollbruchstellen leicht abbrechen. Er wächst später nach, erreicht aber nicht die ursprüngliche Länge.
Die Waldeidechse ist auf der Roten Liste Berlin (2017) in Kategorie 2 (Stark gefährdet) eingestuft. Die Art ist besonders geschützt gemäß Bundesnaturschutzgesetz.