Die Zauneidechse ist in Berlin an Bahntrassen, Waldsäumen und auf Ruderalflächen verbreitet. Geplante Bauprojekte könnten die Bestände jedoch zurückgehen lassen, da geeignete Habitate zerstört werden. Die Zauneidechse steht in Berlin deshalb auf der Vorwarnliste. Die Art ist streng geschützt gemäß Bundesnaturschutzgesetz.