Wanderfalken gehörten zu den am stärksten gefährdeten Greifvögeln der Welt. Abschuss, Beunruhigung der Brutpaare, Aushorstung und insbesondere Schädigung durch Pestizide (DDT) hatten die Art drastisch dezimiert. Nach dem Verbot des DDT-Einsatzes in den westlichen Industriestaaten und dem intensiven Schutz der Restpopulationen erholten sich die Bestände ab Ende der 1970er Jahre wieder.
In Berlin zählte der Wanderfalke bis Anfang der 1940er Jahre zu den Brutvögeln. 1943/44 verschwanden die letzten Paare und Wanderfalken wurden nur noch als Wintergäste beobachtet. 1977 erlaubte eine erfolgreiche Zucht an der Freien Universität Berlin die ersten europäischen Auswilderungen mit Hilfe künstlicher Horste im Berliner Stadtgebiet (Flughafen Tempelhof).
Nach der Roten Liste von 2013 gibt es 2 Wanderfalkenreviere im Berliner Stadtbereich. Seit einigen Jahren gehen die Bruterfolge aus unbekannter Ursache stark zurück.
Der Wanderfalke ist in Berlin gefährdet. Er ist streng geschützt gemäß Bundesnaturschutzgesetz.